顺治先后册立两位皇后。一位是他的母亲孝庄皇太后的侄女博尔济吉特氏，由多尔衮做主定婚、聘娶。顺治亲政，册为皇后。由于对多尔衮怀恨在心，他对这位皇后并不满意，多尔衮死后，顺治废掉皇后，降为侧妃。另一位是孝惠章皇后，博尔济吉特氏，顺治十一年（1654年）五月，年十四，聘为妃。六月，册为皇后。她不久又受到福临的责斥。但这位皇后能委屈圆通，又有太后呵护，才没有被废掉。顺治真正视为知己的是董鄂妃，即后来追封的孝献皇后。年轻的福临对董鄂妃一见钟情，有几件事可以说明这位少年天子对董鄂妃的恩爱逾常。
董鄂妃在顺治十三年（1656年）八月二十五日被册为“贤妃”，仅一月有余，福临以“敏慧端良、未有出董鄂氏之上者”为理由，晋封她为皇贵妃。这样的升迁速度，历史上十分罕见。十二月初六日，福临还为董鄂妃举行了十分隆重的册妃典礼，并按照册封皇后的大礼颁恩诏大赦天下。按常规，皇帝只有在册立皇后的大礼上，才会颁布诏书公告天下。董鄂妃享受到这种特殊礼遇，表明她得到了顺治不同寻常的宠爱。
顺治十四年（1657年），董鄂妃生下皇四子，顺治十分欣喜，颁诏天下“此乃朕第一子”，对这个孩子的待遇如同嫡出，大有册封太子之意。然而这个孩子生下不到三个月就夭折了，顺治下令追封其为和硕荣亲王，为他修建了高规模园寝。董鄂妃本来就体弱多病，皇四子又百日而殇，这种打击使得她从此一病不起，顺治十七年（1660年）八月十九日，董鄂妃香消玉殒，病逝于东六宫之一的承乾宫，年仅22岁。据福临说，董鄂妃崩时“言动不乱，端坐呼佛号，嘘气而死。薨后数日，颜貌安整，俨如平时”。
顺治十八年（1661年）顺治帝驾崩，享年二十四岁。庙号世祖，谥号体天隆运定统建极英睿钦文显武大德弘功至仁纯孝章皇帝，葬于清东陵之孝陵，遗诏传位第三子玄烨。关于他的死有以下几种说法。第一种：就是世祖章皇帝在顺治十八年因病而死。具体原因是因为爱妃董鄂氏（後追封孝献端静皇后）及其爱子（即董鄂妃的儿子）相继病亡，福临受到了巨大的精神打击，身体每况愈下，后又染上了天花，顺治十八年（1661年）正月初七日子刻崩于紫禁城内的养心殿，年仅24岁。中国历史第一档案馆的档案支持第一种说法。据历史文献记载，福临确实想要出家，但受到皇宫内保守势力的极度反对，最终未能成行；而不久则死于天花。他也是清朝历史上唯一公开皈依禅门的皇帝。
另一种民间传说：因爱妃董鄂妃因病去世，爱宗教的福临看破红尘，出家当了和尚。而且这种说法一般还把董鄂妃与董小宛（秦淮名妓）当作同一人。但是，根据史学界的考证，董小宛25岁死时，董鄂妃也只有13岁，还未入宫，所以已经基本否定这种说法。最近历史学家又提出了第三种说法：炮击致死说。认为顺治在试图征服台湾时，被郑成功的大炮炮击致死。支持此论者认为，由于兹事体大，且清廷当局谓为国耻，故秘而不宣，并在康熙续任后，处死郑成功父郑芝龙全家，康熙因而终生不忘攻台报仇，并将顺治死因隐而不宣。